I 1990 startet han kompaniet Det Motsatte Prosjekt for å fremme ny scenekunst, i 1991 kom han inn på regilinjen til Statens Teaterskole, og i 1998 ble han Norsk Kulturråds aller første scenekunstkonsulent. Jon Tombre er opptatt av ny dramatikk. Han har blant annet satt opp Niels Fredrik Dahls Vanlig rødvin (Det Motsatte Prosjekt, 1995), David Harrowers Kniver i høner (Det Norske Teatret, 1997), Cecilie Løveids Østerrike, Ophelias: Death by water singing, Roadkills og Visning (henholdsvis Nationaltheatret 1998, Bergen Nasjonale Opera 2005, Akershus Teater 2011 og Nationaltheatret 2014), Jon Fosses Vinter og Dødsvariasjonar (Beaivváš 2005, Rogaland Teater 2007), Jesper Halles Lilleskogen (2003), Brødrene Presnyakovs Terrorisme (2005) og Frode Øiens Pepsilove (2006).

Han var del av ledertrioen som styrte Dramatikkens Hus da det åpnet i 2010; Marit Solbu, Jon Tombre og Kai Johnsen delte ansvaret for teatret. Tombre sluttet i sin stilling i april 2011.

Han har også regissert Ibsen: Hedda Gabler på Hålogaland Teater (1997), og Lille Eyolf, en del av Dannelsesreisen, på Teater Ibsen (2007). Jon Tombre ble nominert til Heddaprisen 2001 i klassen for beste regi for Siste båt av Helge Ingstad, Sogn og Fjordane Teater. Han regisserte Flommen for Teater Ibsen i 2003 og igjen ble han nominert til Heddaprisen 2003 i klassen for beste regi. Han ble også nominert til Heddaprisen 2008 i klassen for beste regi for Den arabiske natta av Roland Schimmelpfennig, Det Norske Teatret.

Jon Tombre (regi) og Cecilie Løveid (tekst) fikk Kritikerprisen for teater 2013/2014 for Visning, Nationaltheatret.

Chris Erichsen sa blant annet dette i sin tale på vegne av Norsk Kritikerlag under utdelingen:

Jon Tombre regisserte Vidas extremas (Beaivváš Sámi Našunálateáhter 2016), som mottok prisen for særlig kunstnerisk innsats under Heddaprisen 2016. Oppsetningen ble dessuten nominert i kategorien for årets forestilling.